Systembiologiskt tillvägagångssätt för att studera bakteriella infektioner på populations- och encellsnivå.
Föreståndare µNordic Single Cell Hub (µNiSCH), plattform för Umeå universitets forskare.
Kroniska infektioner och antibiotikaresistens är stora globala hälsoproblem, vilket gör det nödvändigt att snabbt identifiera nya behandlingar. Olika bakteriella patogener kan anpassa sig till stressiga värdmiljöer genom att programmera om deras transkriptom genom komplexa regulatoriska nätverk och upprätthålla infektion. Därför kan bakteriella stressreaktioner vara potentiella mål för nya antimikrobiella strategier. Vårt mål är att ta fram ny kunskap om bakteriella vävnadsanpassningsmekanismer och identifiera genprodukter som kan fungera som potentiella antimikrobiella mål.
Att studera olika bakteriella patogener, snarare än en enda modellmikroorganism, kan ge djupare insikter om likheterna och skillnaderna i hur olika patogener anpassar sig till värdmiljöer. Vi utvecklar nya verktyg för att ta fram bakteriella transkriptomer och använder både bulk- och enkelcellstranskriptomik för att bättre förstå genreglerande nätverk på både populations- och encellsnivå.
Vår forskning fokuserar på kroniska infektioner och antibiotikaresistens, studerar olika bakteriella patogener under infektion med AI, in vivo transkriptomik och encellsteknologier. Vi strävar efter att förstå bakteriell fysiologi vid infektionsplatser, identifiera tillstånd som efterliknar in vivo-miljöer och upptäcka överlevnadsmekanismer som gör det möjligt för bakterier att motstå stressiga värdtillstånd och undvika antibiotikabehandlingar. Vi tänjer på gränserna för bakteriell transkriptomförvärv från komplexa vävnadsprover, granskar bakteriesubpopulationer som undkommit behandlingar och identifierar specifika miljöförhållanden för att testa betydelsen av potentiella överlevnadsmekanismer.