Kursen ges på svenska och/eller engelska i form av en "Case study". Efter inledande föreläsningar om fallen ("casen") ska studenterna arbeta självständigt. Framgång ska redovisas för föreläsaren/assistenten i regelbundna gruppdiskussioner /seminarier (minst 1-2 gånger per vecka). Studenten skall under kursens gång visa att hon/han förstår ett biologiskt problem och på egen hand kan skapa anpassade bioinformatiska algoritmer (främst av generell karaktär) och koda dem i fungerande bioinformatiska program. I kursen skall studenten visa att de kan använda den kunskap som behövs för behörighet till kursen, för att lösa de givna problemen.
Förväntade studieresultat
Efter avslutad kurs ska studenterna kunna
självständigt planera, genomföra och redovisa ett bioinformatiskt projekt samt kritiskt bedöma kvaliteten av resultat (t.ex. genom benchmarking).
bygga och använda en databas som en del av lösningen till ett biologiskt problem.
hantera, analysera och handskas med stora biologiska data mängder t.ex. i form av DNA/RNA och protein sekvenser eller proteomics och metabolomics data.
skriva avancerade bioinformatiska program för att lösa bioinformatiska problem samt skapa enkla användare gränssnitt.
redogöra för projektet i form av en vetenskaplig artikel/manuskript.
skriva en teknisk manual som beskriver hur programvaran fungerar och hur man använder den.
hålla en muntlig presentation.
Behörighetskrav
Univ: Bioinformatik och genomanalys, 7,5hp (MOLB05) samt minst 22,5hp Datavetenskap eller motsvarande. En A och svenska för grundläggande behörighet för högskolestudier.
Undervisningens upplägg
Kursen ges i form av en "Case study" där studenter ska på egen hand skapa en lösning till ett större biologiskt problem under användning av bioinformatik. Den inledande delen av kursen omfattar föreläsningar och gruppdiskussioner. Huvuddelen omfattar projektarbete med inlagda stödföreläsningar, gruppdiskussioner, och redovisning av projektframgång.
Examination
Examinationen består av tre delar.
Del ett: en skriftlig rapport i form av ett manuskript för en vetenskaplig tidskrift t.ex. Bioinformatics; Del två: ett fungerande program/programpaket med en användbar manual där studenten förklarar för en biolog/användaren hur deras program/användargränssnitt fungerar; Del tre: ett seminarieföredrag/muntlig redovisning där studenten visar att hon/han har förstått det biologiska problemet och hur hon/han har löst det med hjälp av bioinformatiska verktyg. I seminariet ingår en demonstration att alla program studenten har skapat faktiskt fungerar.
För att bli godkänd på hela kursen, krävs att samtliga obligatoriska delmoment är godkända. På hela kursen ges något av slutbetygen Godkänd (G) eller Underkänd (U). Studerande som två gånger underkänts, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till prefekten vid institutionen för molekylärbiologi.
(Tillgodoräknande - ansökan skickas till studentcentrum)
Litteratur
Litteraturlistan är inte tillgänglig via den webbaserade utbildningskatalogen.
Kontakta aktuell institution.
