Kursen omfattar teori och praktiska laborationsmoment. Kursen kombinerar biologiska, matematiska och programmerings färdigheter för att ge kunskap om de vanligaste bioinformatiska verktygen samt förståelse för användning av sekvensdatabaser.
Den inledande delen av kursen ägnas åt introduktion till olika offentliga databaser, sekvenshämtning och hantering t.ex. jämförelser av DNA- och proteinsekvenser för att hitta likheter till homologa proteiner i olika organismer. Denna del omfattar även DNA-chip teknologi, genmappningsprojekt och fylogenetisk rekonstruktion. Därefter undersöks proteinsekvenser med hänsyn till funktionella och strukturella motiv, föreslagen 3D struktur, och hur mutationer påverkar proteiners stabilitet och funktion.
Därpå följer en introduktion till hantering och integrering av biologisk information så som databasorganisation, genregleringsanalyser och nätverksanalys som är viktiga verktyg för att förstå förändringar i genuttryck. Vidare analyserar vi sekvenser med hjälp av kemometriska, multivariata metoder för att förbättra förståelsen av komplexa, strukturella egenskaper hos biologiska makromolekyler som sedan kan appliceras vid datorbaserad design av läkemedel. Slutligen berörs tredimensionell struktur jämförelser av homologa proteiner och hur man bygger så kallade homologimodeller, vilket är ett viktigt komplement till experimentella metoder.
Förväntade studieresultat
Efter avslutad kurs ska studenterna kunna - förstå hur ”rå” biologisk information skapas av de olika storskaliga –omics projekt så som genomics, proteomics, metabolomics mm. - förstå uppbyggnad och användning av databaser med biologiskt information. - genomföra ett bioinformatiskt projekt på egen hand och kunna kritiskt bedöma kvalitén av resultat från olika bioinformatiska program. Detta innebär att studenterna skall - kunna hantera och manipulera ”rå” biologiskt information i form av RNA/DNA och protein sekvenser i olika format. - ha en bra förståelse för teorin bakom parvis och multipla sekvensjämförelse och för den vanligaste sekvensjämförelse matriser och program. - kunna analysera stora data mängder bl. a. med hjälp av kemometriska metoder. - förstå interaktions nätvärk. - skriva enkla bioinformatiska program. - hantera och manipulera 3D strukturer för strukturjämförelse och 3D homologimodellering och för att förstå hur vissa läkemedel binder till proteiner.
Behörighetskrav
Univ: Kemometri C, 7,5hp, Strukturbiologi 7,5hp
Undervisningens upplägg
Den inledande delen av kursen omfattar föreläsningar, lektioner, seminarier, gruppdiskussioner, demonstrationer och laborationer. Den avslutande delen omfattar projektarbete med inlagda stödföreläsningar.
Examination
Examinationen av kursens teoretiska och praktiska delar består av gruppredovisningar, skriftliga labbrapporter och korta skriftliga prov (dugga). Kunskapsredovisningen sker genom skriftligt prov vid kursens slut. På skriftliga provet sätts något av betygen Med beröm godkänd (5), Icke utan beröm godkänd (4), Godkänd (3) eller Underkänd (U). För studerande som inte blivit godkända vid ordinarie provtillfälle, erbjuds ytterligare provtillfällen enligt ett fastställt tentamensschema. Studerande som godkänts i ett prov får inte undergå förnyat prov för att få ett högre betyg. På hela kursen ges något av betygen Godkänd (3), Icke utan beröm godkänd (4) eller Med beröm godkänd (5). För att bli godkänd på hela kursen, krävs att samtliga prov och obligatoriska moment är godkända. Studerande som två gånger underkänts i prov, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till prefekten för Institutionen för molekylärbiologi.
Tillgodoräknande Tillgodoräknande prövas alltid individuellt (se universitetets regelsamling och tillgodoräknandeordning).
Litteratur
Litteraturlistan är inte tillgänglig via den webbaserade utbildningskatalogen.
Kontakta aktuell institution.
