Kursen behandlar datorbaserade beräkningar inom kemi. Kursen integrerar teori med praktiska beräkningsmoment tillämpade inom områdena miljökemi, proteinkemi och läkemedelskemi. Studenterna förväntas tillägna sig kunskap inom kvantkemi, molekylmekanik, bioinformatik, samt teoretisk karakterisering av molekyler samt tillämpade metoder för beräkning av geometrisk- och elektronisk struktur hos molekyler. Kursen innehåller både teori och praktisk tillämpning av väsentliga begrepp inom kvantkemi och molekylmekanik. Centrala koncept för datorbaserad tillämpning på organiska molekyler inom kvantkemin kommer att beskrivas och diskuteras. Fokus inom molekylmekaniken ligger på beskrivning av och diskussion kring praktisk tillämpning på organiska molekyler inklusive proteiner. Bioinformatikdelen på kursen behandlar uppbyggnad och användning av databaser med biologisk information, proteinsekvensjämförelser och 3D-strukturjämförelser. Teorin bakom metoder, praktiskt utförande och bedömning av kvaliteten av sekvensjämförelse behandlas och diskuteras. Den teoretiska karakteriseringen av molekyler sammanlänkar samtliga avsnitt på kursen, dvs kvantkemi, molekylmekanik och bioinformatik.
Förväntade studieresultat
Efter avslutad kurs ska studenten kunna: - förklara de viktigaste principerna för kvantkemiska och molekylmekaniska metoder för att beräkna geometri och energi hos molekyler - planera och tillämpa datorbaserade beräkningar för att bestämma geometri, energier och elektroniska egenskaper hos molekyler. - redogöra för teorin bakom metoder för proteinsekvensjämförelser och 3D proteinstrukturjämförelser - planera och genomföra sekvenssökningar och 3D proteinstrukturjämförelser, samt värdera dess kvalité - beskriva teoretiska metoder samt planera och utföra datorbaserade beräkningar av kemiska egenskaper (tex, storlek, hydrofobicitet, dipolmoment) hos molekyler och relatera dessa till biologiska/miljökemiska effekter via beräkningsmodeller - kritiskt granska och diskutera resultat från datorbaserad beräkningskemi - prersentera och diskutera, skriftligt och muntligt, vetenskapligt arbete från ett samhälls- och vetenskapsperspektiv riktat mot olika grupper.
Behörighetskrav
För tillträde till kursen krävs godkänd kurs i kemometri (5KE053, 7.5 hp) eller motsvarande och godkända kurser i kemi om 45 hp eller motsvarande samt engelska A/5.
Undervisningens upplägg
Undervisningen bedrivs i form av föreläsningar, övningar och forskningsrelaterade workshops. Övningar och workshops är obligatoriska moment i kursen.
Examination
Workshops/praktiska moment kommer att examineras via muntlig och/eller skriftlig redovisning med betyg (U) eller (G). De teoretiska koncepten av beräkningskemi kommer att examineras via skriftligt prov med betyg (U), (G) eller (VG). Betyg på kursen sätts först när prov, redovisningar samt workshops är godkända, och samtliga moment ligger till grund för slutbetyg. Betygsskalan för slutbetyg på kursen består av betygen (U), (G) och (VG). En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till prefekten vid kemiska institutionen.
TILLGODORÄKNANDE: Tillgodoräknande av studier prövas individuellt (se universitetets regelsamling och tillgodoräknandeordning).
Litteratur
Litteraturlistan är inte tillgänglig via den webbaserade utbildningskatalogen.
Kontakta aktuell institution.
