Funktionsgenomik teori, 7,5 hp

Innehåll

Kursen ger teknisk insikt i och förståelse för metoder som används för att genomföra funktionell genomforskning. Begreppet funktionell genomik introduceras och en viktig del av kursen är att utveckla en förståelse för hur relevant metodologi kan kombineras i studier som syftar till att identifiera specifika gener funktions och mera övergripande funktion av genomet. Ämnen som omfattas i kursen innefattar metoder för att sekvensera genom, analys av gener, metabolit och protein dynamik och förmåga att igenkänna epigenetiska modifieringar. Begrepp som datakvalitetskontroll och statistisk analys introduceras. Integrativa metoder för att förstå genfunktion och kunna associera gener eller genomiska polymorfier mot fenotyper förklaras, vilket även innebär systemgenetik och samexpressionsnätanalyser. Kursen ger detaljerat information om hur man genomför valideringsstudier och ger en insyn i hur man bedömer potentiella etiska konsekvenser av den kunskap som erhållits genom funktionell genomforskning.
 

Förväntade studieresultat

Efter avslutad kurs ska studenterna kunna:

1. Sammanfatta den historiska bakgrunden till metoder som används för att analysera genuttryck och jämföra dessa med nuvarande teknik.
2. Förklara syftet med funktionell genomik, demonstrera användningen av funktionellt genomisk tillvägagångssätt och kunna redogöra för utmaningarna i att bestämma geners funktion.
3. Förklara och tillämpa de tekniska principerna för nuvarande använda metoder inom området funktionell genomik.
4. Integrera genomiska, epigenetiska och yttre effekter i samband med att förstå gen- och genomfunktionen.
5. Bedöma och välja relevanta metoder inom funktionell genomforskning, jämföra deras relativa styrkor, svagheter och därtill hörande analytiska utmaningar.
6. Utforma ett experiment för att belysa och validera funktionen hos okända gener, vilket även innebär urval, utvärdering och rättfärdigande av associerade tekniska metodermetoder och till för dem relevant analys och visualisering.
7. Utvärdera lämpligheten av integrativa tillvägagångssätt, vilket inkluderar systembiologi, systemgenetik, associeringsstudier och samexpressionsnätverksanalys.
8. Bedömma de etiska konsekvenser som uppstår genom implementering av funktionell genomforskning eller kunskap, inklusive förutsägelse av framtida effekter.

Behörighetskrav

90 hp inklusive kurserna Genetik 15 hp, Molekylär genetik 15 hp samt Immunologi 15 hp eller Växters cell- och molekylärbiologi 15 hp. Svenska för grundläggande behörighet för högskolestudier samt Engelska B/6. Krav på svenska gäller endast om utbildningen ges på svenska.

Undervisningens upplägg

Kursen består av föreläsningar, omvända klassrumssessioner (där eleverna tittar på förinspelade föreläsningar och diskuterar dem under särskild undervisningstid), gruppdiskussion, debatter och studentledda inlärningssessioner för att revidera kursinnehåll. Det finns två datorlaboratorier för att ge praktisk erfarenhet av att bearbeta och analysera sekvensering och genuttrycksdata.

Litteratur
Det finns ingen lärobok för denna kurs. Relevant litteratur lämnas ut under kursen. Länkar till ytterligare läsning för varje föreläsning och specifika papper som ska användas för gruppdiskussionerna tillhandahålls av läraren. Länkar till andra medier, föreläsnings- och konferensvideor och informationsresurser kan erbjudas efter behov.
 

Examination

Läromålen (FSR) kommer att bedömas utifrån
1. Studentledda sessioner. Studenterna presenterar sammanfattningar av forskningshandlingar som först behandlats genom gruppläsningsövningar. Under dessa debatteras även etiska problem. Varje session betygssätts U / G utifrån individuella korta reflekterande texter. Om en student misslyckas med en session, granskas den igen i en muntlig tentamen mellan studenten och kursutredaren (FSR 3,4,8). Ett slutligt betyg (G/U) kommer tilldelas denna del av kursen. För att få G måste alla sessioner godkännas.

2. Kortfattad skriftlig sammanfattning av resultat från datorlaboration. Betyg U / G (FSR 3).

3. Slutlig salstentamen består av tio korta frågor som testar specifika FSR och två långa uppsatsfrågor som testar förståelse och integration över FSR. Varje kort fråga betygsätts med G eller U (FSR 1,2,3,6,7) och denna del graderas VG - 7+ pass, G - 5+ passerar eller U - färre än 5 Gs. Varje av de två långa uppsatsfrågor betygsätts med VG, G eller U (FSR 2,3,4,5,7). Ett enda examensbetyg sätts på tentamen med bakgrund i kombination av delbetyg; till exempel: VG) motsvarar 2 + VG, G) motsvarar VG / G, U) och U om någon komponent underkänts.
 
Slutbetyg sätts när alla delar av kursen har slutförts. Alla del betyg vägs in efter följande: För ingenjörer: 5) 2 + xVG; 4) 1 + xVG; 3) 3xG, U om någon komponent motsvarar U; Andra studenter: VG) 2 + VG, G) vid någon annan kombination av VG / G, U i fall någon komponent är underkänt.
 
Betygssystemet introduceras och diskuteras i den första kursföreläsningen. Under denna föreläsning kommer kursen också att placeras inom ramen för de nationella målen för en avancerad nivåkurs.
 
För att bli godkänd på hela kursen krävs att alla prov och obligatoriska moment är godkända. Betyget på kursen utgör en sammanfattande bedömning av resultaten vid examinationens olika delar och sätts först när alla obligatoriska moment är godkända.
 
Studerande som har betyget godkänt kan inte förbättras genom supplerande arbete eller tentor.
Studerande som underkänts vid prov har rätt att skriva omprov för att få godkänt betyg i enlighet med Umeå Universitetsförordningar för prov och examen på grundnivå och forskarutbildning (FS 1.1.2-553-14; HF 6 kap. 22 §). Studerande som två gånger underkänts, har rätt att hos prefekten för fysiologisk botanik begära att en annan lärare utses för att betygsätta. Den som godkänts får ej skriva  omprov för högre betyg. Den första omprövningen kommer att erbjudas senast två månader efter den första tentamen, förutom om en ordinarie tentamen äger rum i maj eller juni, i vilket fall en första omprövning kommer att erbjudas inom tre månader efter den första tentamen. Dessutom kommer minst en ytterligare omprövning att erbjudas inom ett år efter regelbunden undersökning.
 
I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla.
 

Övriga föreskrifter

I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla eller att kursen slutat ges.