Kursen är baserad på den teoretiska kursen Funktionsgenomik T, 7.5hp (5BI056). Kursen syftar till att ge en introduktion till användningen av modern teknik för funktionsgenomik. Kursen är projektbaserad och studenterna kommer att få praktisk insikt i och erfarenhet av hur man utför analyser av storskaliga datamängder som genereras med hjälp av antingen sekvensering, proteomik- eller metabolomikmetoder.
Förväntade studieresultat
Efter avslutad kurs ska studenten kunna:
Förstå och redogöra för begreppen genomik, proteomik, metabolomik
Veta hur man extraherar och utför kvalitetskontroller av DNA, RNA, proteiner och metaboliter
Förstå principerna bakom utförande av proteomik- och metabolomikanalyser inklusive provberedning, separation och identifiering
Beskriva de allmänna principerna för att identifiera differentiellt uttryckta gener, proteiner och metaboliter
Förstå hur man utför och visualiserar kvalitetskontroller av storskaliga datamängder
Beskriva svårigheter och lösningar för visualisering av stora mängder data
Beskriva hur man arbetar med ett modellsystem för att klargöra den specifika genen eller proteinfunktion i organismen
Behörighetskrav
Univ: Funktionsgenomik T, eller motsvarande.
Undervisningens upplägg
Kursen är uppdelad i två delar. Inledningsvis arbetar alla studenter tillsammans för att lära sig tekniker för provberedning och kvalitetskontroll. Den andra delen av kursen innebär att arbeta i grupper om två till tre personer för att utföra analyser av antingen ett genomik-, proteomik- eller metabolomik-dataset. Studenterna kommer att lära sig att kvalitetskontrolltesta och analysera data inklusive att identifiera gener/proteiner/metaboliter av intresse och hur man får funktionell inblick i deras potentiella roll. Analysen kommer att omfatta visualisering och statistisk bedömning. Studenterna gör sitt eget schema för grupparbetet, men lärarna finns tillgängliga på begäran för att erbjuda vägledning, rådgivning och utbildning.
Examination
Kursen examineras genom en skriftlig rapport i stil med en kort vetenskaplig uppsats och en obligatorisk muntlig presentation. Varje grupp gör en gemensam skriftlig rapport och ger en muntlig presentation och båda ska vara på engelska. Alla medlemmar i en grupp tilldelas samma betyg.
Betygen Underkänd (U), Godkänd (G), Väl godkänd (VG). Student som underkänts har rätt att examineras för att få godkänt betyg - men i detta fall måste alla medlemmar i en grupp ingå i omtentamen. Den som har fått godkänt på en examination får inte göra om provet för ett högre betyg.
Litteratur
Litteraturlistan är inte tillgänglig via den webbaserade utbildningskatalogen.
Kontakta aktuell institution.
