Engelskt namn: Microbial Ecology
Denna kursplan gäller: 2012-08-27 och tillsvidare
Kurskod: 5BI030
Högskolepoäng: 15
Utbildningsnivå: Avancerad nivå
Huvudområden och successiv fördjupning:
Biologi: Avancerad nivå, har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
Betygsskala: Tregradig skala
Ansvarig institution: Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap
Beslutad av: teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 2007-08-29
Reviderad av: teknisk naturvetenskaplig fakultet, 2012-01-03
Kursen fokuserar på struktur och funktion hos mikrobiella samhällen, samt aktuella metoder inom mikrobiell ekologi. Följande teman behandlas: centrala mekanismer för reglering av produktivitet; funktion och reglering av mikrobiell metabolism; mikrobiella processers betydelse för omsättning av näring och organiskt kol; mikrobiella interaktioner och samevolution; molekylära metoder för artbestämning och kvantifiering av mikroorganismer; biogeografi, succession och selektion av bakterier. Kursen indelas i följande moment: Moment 1, Workshop med träning i informations- och kommunikationsteknik (IKT), 1,2 högskolepoäng. Kursintroduktion, användning av dataplattformen, produktion av hemsida. Undervisning om infärgningstekniker för epiflourescensmikroskopi och omvändningsmikroskopi. Mikroskopanalys av bakterier, cyanobakterier, flagellater, protozoer och alger. Moment 2, Centrala mekanismer för reglering av mikrobiell produktivitet i akvatiska system, 2,3 högskolepoäng. Undervisning om centrala reglermekanismer för mikrobiella samhällen. Frågor rörande produktivitet i akvatiska system analyseras mha aktuell litteratur som bakgrundsmaterial. Utvalda experiment och fältdata används som bas för diskussion och analys. En dynamisk modell av mikrobiella processer i pelagiala system ger studenterna möjlighet att utföra virtuella experiment, och testa betydelsen av närsaltsbelastning, ljus, predation m.m. Moment 3, Mikrobiella interaktioner och samevolution med exempel från svampar och mykorrhizabildande växter, 2,3 högskolepoäng. Beskrivning av interaktioner mellan mikroorganismer och växter. Exempelvis diskuteras betydelsen av mykorrhiza-associationer mellan växter och svamp. Kursmaterial är power-pointlektioner med länkar till hemsidor samt vetenskapliga artiklar. Studenternas uppgift är bl a. att analysera data från naturliga system samt att utarbeta förvaltningsråd baserat på kunskap om symbios mellan mikroorganismer och växter. Studenterna utför själva en fältstudie. Moment 4, Funktion och reglering av mikrobiell metabolism, 2,3 högskolepoäng. Undervisning om mikrobiella processer och strategier för överlevnad och tillväxt i ekosystem. Beräkning av bakteriers energiutbyte, termodynamik och cellbildning. Kursmaterial är vetenskapliga artiklar och bokkapitel, samt en översiktsartikel rörande mikroorganismers cellbildning och energivinst. Under kursmomentet utförs två artificiella laboratorieexperiment. Moment 5, Mikrobiella processers betydelse för omsättning av näring och organiskt kol i terrestra och akvatiska system, 2,3 högskolepoäng. Kursmomentet fokuserar på funktion av mikrobiella processer i det biogeokemiska kretsloppet av organiskt material. Tonvikten ligger på multipla kontroller och betydelsen av hierarkiska kontrollfaktorer. Kursmaterial är bl.a. litteratur som anger aktuella metoder för mätning av gasutbyte samt en modell rörande temperaturkontroll av metanemission. Studentuppgifter är att beskriva mikrobiella processer som ger temporala variationer i modellsystemet och att utarbeta konceptuella modeller för biogeokemiska kretslopp av ämnen och föreningar. Moment 6, Molekylära metoder för studier av mikroorganismers funktion i ekosystemet; aktuella metoder för artbestämning och kvantifiering av mikroorganismer i olika miljöer, 2,3 högskolepoäng. Momentet indelas i följande avsnitt: Avsnitt 1, Metoder för molekylär analys av mikrobiella samhällen Översikt över metoder såsom PCR, cloning, DGGE för karakterisering av bakteriesamhällen. Kursmaterial är laboratoriebeskrivningar och videopresentationer. Avsnitt 2, Mikroorganismernas artrikedom i olika habitat Undervisning om bakteriers, svampars och protozoers artrikedom i olika habitat. Avsnitt 3, Mikrobiell bioinformatik Översikt över aktuella databaser och tekniker, tex analys av 16S rRNA. Introduktion till användning av sekvensdata och analysverktyg i fylogenetiska studier. Moment 7, Biogeografi, succession och selektion, med exempel från marina bakteriesamhällen, 2,3 högskolepoäng Momentet indelas i följande avsnitt: Avsnitt 1, Konkurrens mellan bakterier och alger Avsnittet är utformat som en modellövning. Avsnitt 2, Evolution och fördelning av bakteriearter I detta avsnitt diskuteras bakteriers spridning och utbredning utifrån deras fysiologi och livshistoriestrategier. Avsnitt 3, Bakteriell diversitet i haven Avsnittet bygger på arbete med databaser.
Efter avslutad kurs ska studenten kunna: - förstå centrala mekanismer för reglering av mikrobiell produktivitet i akvatiska system - förstå och redogöra för mikrobiella interaktioner - förklara funktion och reglering av mikrobiell metabolism - förklara mikrobiella processers betydelse för omsättning av näring och organiskt kol i terrestra och akvatiska ekosystem - tillämpa molekylära metoder för studier av mikroorganismer i naturliga system och för mikrobiell fylogeni - förstå och redogöra för bakteriers biogeografi, succession och hur de påverkas av selektion.
Univ: 120 hp varav 60hp i biologi inklusive 15hp ekologi eller mikrobiologi på avancerad nivå eller motsvarande kunskaper. En A och svenska för grundläggande behörighet för högskolestudier om utbildningen ges på svenska.
Huvuddelen av kursen bedrivs i form av självstudier och grupparbeten via internet. Kursen inleds med en dags fysisk träff. Förutom en mikroskopiövning, inriktas denna träff på att ge information om kursen.
Formerna för examination varierar med hänsyn till delmomentens innehåll och uppläggning, men sker oftast som kontinuerlig kunskapskontroll i form av diskussioner eller rapportskrivning. Betyg som ges är Underkänd (U), Godkänd (G) och Väl godkänd (VG). Kursbetyget utgör en sammanfattande bedömning av resultaten vid examinationens olika delar och sätts först när alla obligatoriska moment är godkända. Studerande, som underkänts har rätt att undergå förnyat prov för att få godkänt betyg. Vidare har studerande, som två gånger underkänts i prov för viss kurs eller del av kurs, rätt att hos styrelsen för institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap begära att annan lärare utses för att bestämma betyget vid förnyat prov. TILLGODORÄKNANDE Tillgodoräknande prövas alltid individuellt (se universitetets regelsamling och tillgodoräknandeordning).
Litteraturlistan är inte tillgänglig via den webbaserade utbildningskatalogen. Kontakta aktuell institution.