Kursen är en fortsättning av Funktionsgenomik Teori, 7.5hp (5BI211). Kursen ger en introduktion till tillämpningen av moderna tekniker och analysmetoder med relevans för funktionell genomik. Kursen är projektbaserad och studenterna får praktisk inblick i och erfarenhet av hur man utför analyser av storskaliga datauppsättningar som genereras med antingen sekvenserings-, proteomik- eller metabolomikmetoder. Grupper av två till fyra arbetar tillsammans för att analysera data och producera en affischpresentation av resultaten, som presenteras i slutet av kursen. Studenterna är ansvariga för sin egen tidshantering men har undervisningsstöd efter behov.
Förväntade studieresultat
Efter avslutad kurs ska studenten kunna:
Förklara och visa förståelse för hur man extraherar och utför kvalitetskontrollskontroll för DNA, RNA, proteiner och metaboliter, bland annat för att förstå varför kvalitetskontrollen är viktig och hur man bedömer olika kvalitetsaspekter.
Genom tillämpning av sitt projekt öka insikten i och förståelse av allmänna principerna för identifiering av differentiellt uttryckta gener, proteiner eller metaboliter, och visa förståelse för de därtill hörande statistiska problem och metoder.
Visa förståelse för hur man utför och visualiserar kvalitetskontroll av storskaliga datauppsättningar genom tillämpningar av de dataanalysmetoder som behandlas under kursen.
Skapa figurer som visar på förståelse av de svårigheter och lösningar på dessa som möjliggör visualisering av storskaliga data.
Visa djupgående förståelse för hur de metoder som ingår i kursen kan tillämpas för att ta itu med frågor inom funktionell genomik.
Tydligt begrunda varför analysmetoder valdes och tillämpades för att genomföra dataanalyser för att sedan kunna presentera dem.
Behörighetskrav
90 hp inklusive kursen Funktionsgenomik teori 7,5 hp. Svenska för grundläggande behörighet för högskolestudier samt Engelska B/6. Krav på svenska gäller endast om utbildningen ges på svenska.
Undervisningens upplägg
Kursen är uppdelad i två delar. I början arbetar alla studenter tillsammans för att lära sig tekniker för provberedning och kvalitetskontroll. Under den andra delen av kursen arbetar man i grupper om två till fyra studenter och utför analys av antingen genomiska, proteomiska eller metabolomiska data. Studenterna lär sig hur man genomför kvalitetskontroll och analyserar data- Vilket även innebär identifiering av gener / proteiner / metaboliter av intresse och hur man kan skaffa sig en funktionell inblick i deras biologiska roll. Analysen omfattar visualisering och statistisk bedömning. Studenterna sammansätter sitt eget arbetsschema för grupparbetet och lärare är tillgängliga för rådgivning och utbildning när det efterfrågas.
Litteratur Relevant litteratur tillhandahålls under kursen, beroende av de specifika detaljerna i det valda grupprojektet.
Examination
Kursen examineras genom en online-test (betyg G / U; motsvarande FSR 1), en projekt arbetslogg (betyg VG, G, U; FSR 2,5) och en slutlig affischpresentation (betyg VG, G, U; FSR 2-6). Varje grupp producerar en affisch på engelska. Affischen måste uppdelas i bakgrund, metoder, resultat och diskussion. Varje medlem i gruppen presenterar individuellt affischen för kursledare och studenter, och ska kunna besvara frågor. Kursledaren bedömer kvaliteten på affischpresentationen och betygssätter: VG, G eller U. Betyg: För ingenjörer 5 Mycket väl godkänt (G + 2xVG), 4 Väl godkänt (2xG, 1xVG), 3 Godkänt (3xG). För andra; VG Väl godkänt (G + 2xVG), G Godkänt (någon annan kombination av VG + G), U Underkänt (U i någon bedömd komponent).
Studerande som inte godkänts har rätt att återta den icke-godkända del av examinationsmomenten i enlighet med Umeå Universitetsförordningar för prov och examen på grundnivå och forskarutbildning (FS 1.1.2-553-14; HF 6 kap. 22 §). Tidpunkt för omprov avtalas med kursledare. Studerande som har betyget godkänt kan inte förbättras genom supplerande arbete eller tentor. Studerande som två gånger underkänts, har rätt att hos prefekten för fysiologisk botanik begära att en annan lärare utses för att betygsätta.
I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla.
