Statistiska metoder i genetik 7,5 hp

Om kursen

Kursen behandlar tekniker för att analysera olika typer av genomiska data. Första delen behandlar metoder för att annotera genomiska sekvenser för att beskriva egenskaper och strukturer hos ett genom. Här behandlas metoder för att hitta gener och bestämma likhet mellan sekvenser. Multinomiala modeller, Markovmodeller, gömda Markovmodeller och Monte-Carlo simulering ligger till grund för flera av de metoder som beskrivs. Den andra delen behandlar metoder för att studera genetisk variation inom och mellan arter, evolution och rekonstruering av evolutionära mekanismer. I kursens tredje del behandlas metoder för analys av högdimensionella genomiska expressionsdata (t.ex. microarraydata), detta inkluderar grundläggande normalisering, identifiering av påverkade variabler och gruppering av variabler med klusteranalys. Kursen är uppbyggd kring ett par komplexa biologiska problem, där studenten identifierar och formulerar specifika hypoteser, väljer lämplig analysmetod, testar hypoteserna med hjälp av olika programpaket (t.ex. BLAST och Bioconductor) och tolkar resultaten. En viktig del av kursen är att göra studenterna förtrogna med analysprocessen av komplexa biologiska problem.