Kursen är en introduktion till bioinformatik och ger grundläggande färdighetsträning i bioinformatik. Kursen behandlar grundläggande informationssökning, introduktion till R och Linux kommandorad, statistik och linjära modeller, analys av genomikdata samt vanliga verktyg för dataintegration.
Förväntade studieresultat
Efter avklarad kurs ska studenterna kunna, med avseende på:
Kunskap och förståelse:
Förklara uppkomsten av vanliga statistiska fördelningar.
Förklara skillnaden mellan Bayesiansk och frekventistisk statistik.
Färdighet och förmåga:
Inhämta vanliga biologiska data från onlineresurser och använda vanliga onlineverktyg relevanta för bioinformatik.
Använda grundläggande Linux-kommandon för filhantering och exekvering av mjukvara.
Skapa grundläggande skript i R med hjälp av dokumentation på internet.
Tillämpa linjära modeller, inklusive i matrisformat, för att lösa vanliga statistiska problem (inklusive ANOVA och limma-paketet).
Beräkna p-värden för vanliga statistiska fördelningar med hjälp av R.
Utföra grundläggande NGS-analyser.
Utföra penaliserad linjär regression.
Jämföra data med ett antal olika vanliga metoder.
Värderingsförmåga och förhållningssätt:
Bedöma när FAIR-principerna ska tillämpas.
Behörighetskrav
20 hp från avslutade kurser i kemi varav minst 5 hp i biokemi, alternativt 20 hp från en kombination av avslutade kurser i kemi och fysik och/eller matematik, varav minst 5 hp i biokemi, samt 60 hp från avslutade kurser i biologi, innehållande molekylärbiologi, mikrobiologi, genetik och cellbiologi.
Undervisningens upplägg
Kursen innehåller inspelade föreläsningar som behandlar teori och det praktiska arbetsflödet, samt individuella examinerande uppgifter. Stor vikt läggs på praktisk övning genom individuella uppgifter med steg-för-steg-instruktioner. Stor del av kursen ges online i och med de inspelade föreläsningarna. De individuella övningarna kan studenterna utföra på distans men de erbjuds också lärarledda lektioner där de kan arbeta med de individuella uppgifterna. Undervisningen sker på engelska.
Examination
Kursen examineras genom individuella skriftliga inlämningsuppgifter. På hela kursen ges något av betygen väl godkänd (VG), godkänd (G) eller underkänd (U). För att få betyget godkänt (G) på hela kursen krävs att samtliga inlämningsuppgifter för betyget G är godkända. För att få betyget väl godkänt (VG) krävs dessutom att alla inlämningsuppgifter för betyget VG är godkända.
För studerande som inte blivit godkänd vid ordinarie provtillfälle anordnas förnyat provtillfälle i enlighet med Umeå universitets Regler för betyg och examination på grund- och avancerad nivå (FS 1.1-574-22). Det första omprovet erbjuds senast två månader efter ordinarie provtillfälle. Undantaget de fall då ordinarie prov äger rum i maj eller juni månad, då erbjuds istället ett första omprovstillfälle inom tre månader efter ordinarie provtillfälle. Dessutom erbjuds ytterligare minst ett omprov inom ett år från ordinarie provtillfälle. Vid underkänt resultat hänvisas därefter studenten till tentamen nästa gång kursen/moment ges.
En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (HF 6 kap. 22 §). Begäran om ny examinator ställs till biträdande prefekt för institutionen för molekylärbiologi.
Examinator kan besluta om avsteg från kursplanens examinationsform. Individuell anpassning av examinationsformen ska övervägas utifrån studentens behov. Examinationsformen anpassas inom ramen för kursplanens förväntade studieresultat. Student som har behov av en anpassad examination ska senast 10 dagar innan examinationen begära anpassning hos kursansvarig institution. Examinator beslutar om anpassad examination som sedan meddelas studenten.
Tillgodoräknande
Den studerande har rätt att få prövat om tidigare utbildning eller motsvarande kunskaper och färdigheter förvärvade i yrkesverksamhet kan tillgodoräknas för motsvarande utbildning vid Umeå universitet. Ansökan om tillgodoräknande skickas in till Studentcentrum. Mer information om tillgodoräknande finns på Umeå universitets studentwebb och i högskoleförordningen (6 kap).
Övriga föreskrifter
I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla eller att kursen slutat ges.
Kursen kan inte användas i en Civilingenjörsexamen i bioteknik med inriktning Bioinformatik.
Litteratur
Litteraturlistan är inte tillgänglig via den webbaserade utbildningskatalogen.
Kontakta aktuell institution.
