Kursen behandlar datorbaserade beräkningar inom kemi. Kursen integrerar teori med praktiska beräkningsmoment tillämpade inom områdena miljökemi, proteinkemi och läkemedelskemi. Kursen behandlar kvantkemi, molekylmekanik, bioinformatik, teoretisk karakterisering av molekyler och tillämpade metoder för beräkning av geometrisk- och elektronisk struktur hos molekyler. Kursen innehåller både teori och praktisk tillämpning av väsentliga begrepp inom kvantkemi och molekylmekanik. Centrala koncept för datorbaserad tillämpning på organiska molekyler inom kvantkemin kommer att beskrivas och diskuteras. Fokus inom molekylmekaniken ligger på beskrivning av och diskussion kring praktisk tillämpning på organiska molekyler inklusive proteiner. Bioinformatikdelen på kursen behandlar uppbyggnad och användning av databaser med biologisk information, proteinsekvensjämförelser och 3D- strukturjämförelser. Teorin bakom metoder, praktiskt utförande och bedömning av kvaliteten av sekvensjämförelse behandlas och diskuteras. Den teoretiska karakteriseringen av molekyler sammanlänkar samtliga avsnitt på kursen, dvs kvantkemi, molekylmekanik och bioinformatik.
Förväntade studieresultat
Förväntade studieresultat Efter avslutad kurs ska studenten kunna:
Förklara de viktigaste principerna för kvantkemiska och molekylmekaniska metoder för att beräkna geometri och energi hos molekyler.
Planera, tillämpa och jämföra datorbaserade beräkningar för att bestämma geometri, energier och elektroniska egenskaper hos molekyler.
Redogöra för teorin bakom metoder för proteinsekvensjämförelser och 3D protein-strukturjämförelser.
Planera och genomföra sekvenssökningar och 3D proteinstrukturjämförelser, samt värdera dess kvalité.
Beskriva teoretiska metoder samt planera och utföra datorbaserade beräkningar av fysikaliska och kemiska egenskaper hos molekyler och relatera dessa till biologiska/miljökemiska effekter med kemometriska beräkningsmodeller.
Analysera, kritiskt granska och presentera resultat från datorbaserad beräkningskemi.
Presentera och diskutera vetenskapligt arbete från ett samhälls- och vetenskapsperspektiv riktat mot olika grupper.
Behörighetskrav
90 hp varav minst 45 hp inom huvudområdet kemi inklusive kursen Kemometri 7,5 hp (5KE053), eller motsvarande samt Engelska B/6.
Undervisningens upplägg
Undervisningen bedrivs i form av föreläsningar, praktiska projekt och workshops, samt seminarier.
Examination
Kursen examineras genom följande prov:
kursens teoretiska koncept av beräkningskemi examineras vid en individuell skriftlig tentamen (U-VG),
praktiska projekt examineras individuellt via en omfattande skriftlig rapport (U-VG),
praktiska workshops examineras genom individuell skriftlig rapport (U-G),
presentation av resultat från datorbaserad beräkningskemi examineras via individuell muntlig framställan (U-VG), samt
presentation av vetenskapligt arbete från ett samhällsperspektiv riktat mot olika grupper examineras genom en individuell enkel skriftlig rapport (U-G).
Fyra examinationer bedöms med något av resultaten väl godkänt (VG), godkänt (G) eller underkänt (U). Kursens två övriga prov bedöms med något av resultaten godkänt (G) eller underkänt (U).
Betyg på kursen beslutas först när samtliga prov är genomförda. Kursen betygsätts med något av betygen väl godkänt (VG), godkänt (G) eller underkänt (U). För betyget godkänt (G) krävs att samtliga prov bedömts med minst resultatet godkänt (G). För betyget väl godkänt (VG) krävs därutöver att den skriftliga tentamen och att de omfattande skriftliga rapporterna och presentationen av resultat från den datorbaserade beräkningskemin bedömts med resultatet väl godkänt (VG). Om någotdera av proven bedömts med resultatet underkänt (U), sätts betyget underkänt (U) på kursen under förutsättning att studenten genomfört en prestation på kursens samtliga prov.
För studerande som inte blivit godkänd vid ordinarie provtillfälle anordnas förnyat provtillfälle i enlighet med Umeå universitets Regler för betyg och examination på grund- och avancerad nivå (FS 1.1.2-553-14). Det första omprovet erbjuds senast två månader efter ordinarie provtillfälle. Undantaget de fall då ordinarie prov äger rum i maj eller juni månad, då erbjuds istället ett första omprovstillfälle inom tre månader efter ordinarie provtillfälle. Dessutom erbjuds ytterligare minst ett omprov inom ett år från ordinarie provtillfälle. I de fall prov inte kan upprepas enligt gällande regler för omprov ska det istället ersättas med annan uppgift. Omfattningen av och innehållet i sådan uppgift ska stå i rimlig proportion till det missade provet. En student som utan godkänt resultat har genomgått två prov för en kurs eller en del av en kurs, har rätt att få en annan examinator utsedd, om inte särskilda skäl talar emot det (6 kap. 22 §, HF). Begäran om ny examinator ska ställas till prefekten vid kemiska institutionen.
TILLGODORÄKNANDE: Tillgodoräknande av studier prövas individuellt (se universitetets regelsamling och tillgodoräknandeordning).
Övriga föreskrifter
I det fall att kursplan upphör att gälla eller genomgår större förändringar, garanteras studenter minst tre provtillfällen (inklusive ordinarie provtillfälle) enligt föreskrifterna i den kursplan som studenten ursprungligen varit kursregistrerad på under en tid av maximalt två år från det att tidigare kursplan upphört att gälla eller kursen slutat erbjudas.
