Undersöker heterogenitet i infekterande bakterier

Joram Kiriga Waititu är 'Excellence by Choice' postdoktor på Institutionen för molekylärbiologi och inom Umeå Centre for Microbial Research, UCMR.

BildMattias Pettersson

Innan jag kom hit längtade jag efter att få uppleva livet i Sverige!

Single cell RNA-sequencing är en teknik som nyligen utvecklats och som ger möjlighet att studera biologiska funktioner i olika typer av celler - varje enskild cell i taget.

Berätta om din akademiska bakgrund!

– Jag är en biokemist, molekylärbiolog och bioinformatiker med en bred grund och en kandidatexamen i biokemi och molekylärbiologi från Jomo Kenyatta University of Agriculture and Technology, en Master of Science-examen i växtgenetik från Fujian Agriculture och Forestry University i Kina, och en doktorsexamen i biokemi och molekylärbiologi från Chinese Academy of Agricultural Sciences i Peking, Kina.

Hur var det att börja forskarkarriären i Kina?

– Kinas huvudstad Peking var ögonöppnaren i min karriär genom att jag här exponerade mig för forskare med olika bakgrund på ett antal forskningskonferenser. Det förändrade snabbt och på ett bra sätt mitt kritiska tänkande och min problemlösningsförmåga.

– Mitt doktorandprojekt fokuserade på high-throughput transcriptome (RNA-SEQ) profilering av majsgenotyper med kontrasterande svar på abiotisk stress för att identifiera viktiga gener, vägar och ncRNA för att utveckla förbättrade växter.

Hur hamnade du i Sverige och på Umeå universitet?

– För det första, innan jag kom hit längtade jag efter att få uppleva livet i Sverige! Enligt mig är det ett land med utmärkt standard på utbildning och trevliga medborgare. Å andra sidan stötte jag på en annons på LinkedIn för olika postdoktorala tjänster vid Umeå universitet. Bland dem fanns ett projekt med single cell RNA-sequencing, en uppgradering av RNA-sekvensering, som jag använt för att profilera växter under mina master- och doktorandstudier. När jag letade mer information om Umeå universitet insåg jag också att det var här Emmanuelle Charpentiers verkade, den kända forskaren som upptäckte CRISPR-Cas9 och 2020 belönades med Nobelpriset.

Vad fokuserar din nuvarande forskning på?

– Min forskning fokuserar på att dechiffrera heterogena populationer av infekterande bakterier med single cell RNA-sequencing. Men sc-RNAseq i bakterier är utmanande på grund av bakteriers låga mRNA-koncentration och kortare halveringstid, en tjock cellvägg som försvårar eukaryota nedbrytningsprocesser och frånvaron av polyadenylerade mRNA för framgångsrikt fånga in all mRNA.

– Inte desto mindre, för att övervinna svårigheterna jag just nämnt och avsevärt bidra till en bättre förståelse av mikrobiell heterogenitet, har jag ett koncept hämtat från de olika metoderna som rapporterats för att undersöka heterogenitet i bakterier.

Vad är utmanande respektive givande med att vara forskare?

– Att vara forskare i molekylärbiologi är utmanande eftersom de flesta projekt misslyckas redan innan de har påbörjats. Med andra ord kommer man att uppleva fler bakslag än man trodde. Den givande aspekten av det hela är att en framgång bland tusentals misslyckanden uppväger allt nerlagt arbete och kommer att göra dig till den enda forskaren någonsin som gjort en sådan upptäckt och på något sätt förändrat mänsklighetens historia.

Var ser du dig själv om fem år?

– Jag skulle vilja bli en respekterad och välkänd forskare och kanske till och med gå vidare till en senior eller ledande roll.

Vad är ditt första intryck av Sverige, Umeå och Umeå universitet?

"Kallt, mörkt, tyst och rent! Kanske beror det på att jag inte har upplevt sommaren i Umeå, då jag kom till Sverige i november... Angående universitetet så tycker jag det är mysigt. Det handlar inte om att studera hela tiden – du har fri och flexibel tid att studera och lösa problem. Det får en att tänka ordentligt.

Joram Kiriga Waititu i diskussion med forskningsledaren Kemal Avican. Joram arbetar i Kemals grupp.

BildMattias Pettersson