Kom och lyssna på nya projektidéer och hitta nya samarbetspartners i den första omgången av TAIGAs pitchevent. Den här gången arrangeras pitcharna av TAIGAS fokusområde AI för medicin och hälsa.
Registrera dig här för att säkra din lunch eller ta med din egen mat.
Single cell analysis - ett verktyg för kliniken?
Single cell-analys sjunker snabbt i kostnad, till den punkt där det snart kommer att vara genomförbart för klinisk diagnos - särskilt med ett nytt system som just köpts in i Umeå. Vi tror att det kan passa utmärkt för t.ex. finnålsautopsier (FNA), eftersom vi kan extrahera en enorm mängd information och förbättra robustheten jämfört med bulkanalysmetoder (dvs. qPCR etc.). Jag kommer att presentera ett fall där vi beräkningsmässigt kan dissekera telomerlängd och andra markörer, och vi är intresserade av kliniska tillämpningar som kan maximera potentialen hos denna teknik.
Johan Henriksson, PhD, Gruppledare, Avdelningen för molekylärbiologi / Molekylär infektionsmedicin Sverige (MIMS)
Upptäckt av nya mikrobiella sekundära metaboliter med GECCO
Biosyntetiska genkluster (BGC) är mål för (meta)genomiska mininginsatser, eftersom de kan vara ansvariga för produktionen av nya, specialiserade metaboliter med potentiella användningar inom medicin och industri (t.ex. nya antimikrobiella medel, anticancermedel) eller roller i människors hälsa (t.ex. nya toxiner, cancerogener, patogena virulensfaktorer). Här beskriver jag GECCO (GEne Cluster prediction with COnditional random fields; https://gecco.embl.de), en skalbar metod med hög precision för att identifiera nya BGC i (meta)genomiska data med hjälp av villkorliga slumpmässiga fält (CRF). Baserat på en omfattande utvärdering av de novo BGC-prediktion är GECCO både mer exakt och snabbare än andra toppmoderna maskininlärningsmetoder (AUPR=0,89 på domännivå). När GECCO tillämpas på (i) en uppsättning av >300k genom och metagenomer som härrör från mänskliga tarmassocierade mikrober, och (ii) alla offentligt tillgängliga, högkvalitativa prokaryota isolatgenom (>1 miljon genom), identifierar GECCO över 600k respektive nästan 3 miljoner BGC, inklusive BGC som anrikats i mikrobiomedierade sjukdomstillstånd (t.ex. kolorektal cancer). GECCO ger en helt ny inblick i mikrobiell biosyntetisk potential, men framtida experiment behövs för att validera de mest lovande BGC-kandidaterna (t.ex. förmodade nya antimikrobiella medel, toxiner, carcinogener) in vitro och/eller in vivo.
Målgruppen är experimentella mikrobiologer, molekylärbiologer och (bio)kemister som är intresserade av att arbeta med BGC och/eller sekundära metaboliter.
Laura Carroll, Assistant Professor, Institutionen för klinisk mikrobiologi, Molekylär infektionsmedicin Sverige (MIMS)
