På institutionen finns ett antal resurser tillgängliga inom områdena DNA-RNA, Histologi och Protein.
Resurser inom histologi
BenchMark ULTRA
Ett helautomatiskt instrument för färgning av immunhistokemi och ISH på vävnadssnitt, både FFPE-snitt och kryosnitt.
Det finns 30 helt individuella färgningskamrar vilket gör att man kan köra 30 olika protokoll på en och samma gång, samt även ladda och plocka ur glas och när man vill.
Här kan vi scanna in våra objektglas för att sen enkelt titta på snitten på skärm. För att se på glasen kan man ladda hem gratis mjukvara - Pannoramic Viewer eller CaseViewer.
Det går att scanna både i ett manuellt läge, om man har få glas, och ett automatiskt läge om man har stora mängder. Det går ladda upp till 250 glas i en körning.
Scannern är placerad i rum 6M-4113C och tillgänglig för användning genom vår userclub.
Automatiserat instrument för att göra Tissue Micro Arrayer.
När man har stora vävnadsmaterial och man vill spara tid och pengar vid bl a immunhistokemi så kan man med hjälp av en stans ta utvalda vävnadsområden från ett paraffinblock och föra över dessa till ett nytt paraffinblock.
Beroende på val av stans kan upp till flera hundra vävnadsprover rymmas i ett enda paraffinblock. Det finns fyra olika stansstorlekar att välja på:
• 0.6 mm, max 558 stansar/kloss • 1 mm, max 286 stansar/kloss • 1.5 mm, max 135 stansar/kloss • 2 mm, max 84 stansar/kloss
Det ryms 60 donatorklossar och 12 mottagarklossar vid en och samma körning.
Tillhörande objektglas scannas, representativa områden väljs ut, digital bild och kloss läggs om lott i maskinen, stansar tas, allt information om projektet som block id, utvalda områden mm sparas i en Excel-fil.
Scannern är placerad i rum 6M-4113C och är tillgänglig för användning genom vår user club.
Li-COR Odyssey CLx används främst till att detektera och kvantifiera Western blots utan att använda chemiluminescence och mörkrum. Odyssey CLx kan även användas till andra assays som t.ex. In-cell Western blot, EMSA/gel-shift assay, coomassie färgningar, vävnadsfärgningar m.fl. Med Odyssey CLx kan du detektera i två färgkanaler samtidigt, 700 nm och 800 nm. I detta system använder du IRDye sekundär konjugerade antikroppar.
Image studio mjukvara används för att analysera och är lätt att använda. Image Studio Lite mjukvara för Western Blot analyser finns att ladda ner gratis på LI-CORs hemsida.
För automatiserad cellsortering av bla blod, benmärg och vävnad finns instrumentet "autoMACS® Pro Separator" från Miltenyl Biotec tillgängligt. Bland annat används instrumentet inom U-CAN (Uppsala-Umeå Comprehensive Cancer Consortium) biobanken för att sortera lymfom i T- och B-cells populationer med hjälp av microbeads-inmärkta CD3/CD19 antikroppar. För homogenisering av vävnad används det tillhörande "gentleMACS™ Octo Dissociator" instrumentet. Information om produkter och applikationer finner ni på deras hemsida
Detta instrument används för att scanna högupplösta SNP- och DNA-metyleringsarrayer och läser bland annat genotypingsarrayer.
Det finns avsedda produkter som möjliggör analys av bland annat färskfrusen eller paraffininbäddad vävnad och vi erbjuder även service vid den epigenetiska plattformen.
Information om produkter finner ni på Illuminas hemsida.
Labutrustning för preparation av arrayer finns tillsammans med scanner i ett avsatt "Illumina-rum" på vår institution.
Om ni har frågor eller är intresserade av att nyttja instrumentet så är ni välkomna att kontakta Sofie Degerman.
Bio-Rad GelDoc XR
Fotosystem för att på ett enkelt sätt både dokumentera och analysera olika typer av geler, både DNA och protein.
Dokumentationssystemet finns tillgängligt för alla att använda, dock får inte EtBr-färgade geler användas i utrustningen på grund av hälsoskäl.
Pyrosekvenator från Qiagene. Pyrosekvensering är en "sequencing-by-synthesis"-teknik som möjliggör DNA-sekvensering av korta amplikon, SNP-analys samt sekvensspecifik DNA-metyleringsanalys.
Vår version av instrumentet arbetar med 24-brunnsplattor, vilket gör att det inte är lämpat för analys av långa provserier. Denna version är däremot särskilt avpassad för DNA-metyleringsanalys.
Instrumentet finns i rum 6M-4050 och förfogas av en User Club med f.n. 11 deltagande forskargrupper. För närmare upplysningar om denna hänvisas till kontaktperson Torbjörn Nilsson, professor vid enheten för klinisk kemi.
Illumina MiSeq
En MiSeq för next generation sequencing finns på institutionen på våning 1 (avd. för klinisk genetik). Användningsområden inkluderar bl.a. riktad sekvensering eller helgenom-sekvensering för små genom. Möjlighet finns även för att göra ChIP- eller exom-sekvensering samt riktade analyser för gen-expression. För utförligare information och fler användningsområden se Illuminas hemsida.
PCR
PCR-instrument tillgängliga vid institutionen för Medicinsk Biovetenskap möjliggör bland anant realtids-PCR (qPCR), digital PCR, genexpressionsanalys, HRM och genotypning.
