I genomförandefasen förändras ramarna och strukturen för verksamheten ganska rejält och det blir tydligt för alla vad införandet av det nya kontoret faktiskt innebär. Nya rutiner måste skapas och frustration uppstår eftersom man inte riktigt vet vad som gäller alla gånger. Det är alltid jobbigt att anpassa sig och ändra sina invanda mönster och strukturer. Hur utmanande förändringen är skiljer sig åt mellan olika individer, och det måste man som chef ha en förståelse för.
Här gäller det därför att ha is i magen, ha målet i sikte, "hålla i och hålla ut". Sätt gärna en deadline för när implementeringsfasen är över och flexkontoret går in i reguljär verksamhet. Hur lång implementeringsfasen kommer att vara kommer att bero på förutsättningarna i organisationen och vara allt mellan 4 till 12 månader.