Silvia Remeseiro lab

Wallenberg Molekylär Medicin Fellow: Cancer

Gruppen fokuserar främst på hur omprogrammering av regulatoriska regioner och topologiska förändringar i 3D-kromatinorganisationen leder till en dysfunktionell genreglering vid glioblastom, och hur detta i sin tur bidrar till malignitet, heterogenitet och invasivitet.

Forskningsintresse

Glioblastom är den mest dödliga och aggressiva, men också den vanligaste av alla primära hjärntumörer. De flesta genetiska varianter som predisponerar för cancer finns i icke-kodande genomiska regioner berikade med förmodade regulatoriska sekvenser. Förändringar i dessa DNA sekvenser får stor inverkan på genuttrycket vid cancer. Trots att ett flertal loci har identifierats som ökar risken att drabbas av glioblastom, så saknas en funktionell förståelse av hur det icke-kodande regulatoriska genomet bidrar till patogenes.

Vår forskning är inriktad på att förstå hur omprogrammering av regulatoriska regioner och topologiska förändringar i 3D-kromatinorganisationen leder till en dysfunktionell genreglering vid glioblastom. Vi för samman kunskap från olika biologiska och tekniska fält för att studera glioblastom. Vi använder nästa generationens sekvenseringsmetoder, genomredigering och mikroskopi i både glioblastom-musmodeller och humana gliomcellinjer.

Just nu studerar vi samspelet mellan glioblastomgenomets 3D-kromatinorganisation och dess epigenetiska och transkriptionella landskap. Vi undersöker hur detta bidrar till malignitet och hur detta integrerar signaler från nervcellerna i tumörens mikromiljö för att styra genuttrycket vid glioblastom.

Labbets styrkor

I labbet kombinerar vi toppmoderna metoder från olika fält. Vi har expertis inom “omik”-baserade metoder (t.ex. HiChIP, 4C-seq, HiC, ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq), bioinformatik, CRISPR-Cas9-baserad (epi-)genomredigering, musgenetik, musmodeller av cancer och mikroskopi. Vi använder dessa tekniker för att studera 3D-kromatinorganisation och genreglering i både musmodeller och cellinjer från glioblastompatienter.

Publikationer

1. López-Pérez A, Norlin S, Steneberg P, Silvia Remeseiro, Edlund H+, Hörnblad A+. “PAN-AMPK activator O304 prevents gene expression changes and re-mobilization of histone marks in islets of diet-induced obese mice.” Scientific Reports (2021) 11:24410.

2. Dakhel S, Davies WIL, Joseph JV, Tomar T, Silvia Remeseiro, Gunhaga L. Chick fetal organ spheroids as a model to study development and disease. BMC Molecular and Cell Biology, (2021) 22, 37. http://doi.org/10.1186/s12860-021-00374-6

3. Bahr C*, von Paleske L*, Uslu VV*, Silvia Remeseiro, Takayama N, Ng SW, Murison A, Langenfeld K, Petretich M, Scognamiglio R, Zeisberger P, Benk AS, Amit I, Zandstra PW, Lupien M, Dick JE, Trumpp A, Spitz F. A Myc enhancer cluster regulates normal and leukaemic haemotopoietic stem cell hierarchies. Nature (2018) 553:515-520.

4. Symmons O, Pan L, Silvia Remeseiro, Aktas T, Klein F, Huber W, Spitz F. The Shh Topological Domain Facilitates the Action of Remote Enhancers by Reducing the Effects of Genomic Distances. Developmental Cell (2016) 39(5):529-543.

5. Silvia Remeseiro*, Andreas Hörnblad*, François Spitz. Gene regulation during development in the light of topologically associating domains. Wiley Interdisciplinary Reviews Developmental Biology (2016). 5(2):169-85.

6. Cuadrado A, Silvia Remeseiro, Graña O, Pisano DG, Losada A. The contribution of cohesin-SA1 to gene expression and chromatin architecture in two murine tissues. Nucleic Acids Research (2015) 43(6):3056-3067.

7. Silvia Remeseiro and Ana Losada. Cohesin, a chromatin engagement ring. Current Opinion in Cell Biology, (2013) 25(1):63-71.

8. Silvia Remeseiro, Cuadrado A, Losada A. Cohesin in development and disease. Development (2013) 140(18):3715-8.

9. Silvia Remeseiro, Cuadrado A, Kawauchi S, Calof AL, Lander AD, Losada A. Reduction of Nipbl impairs cohesin loading locally and affects transcription but not cohesion-dependent functions in a mouse model of Cornelia de Lange Syndrome. Biochimica et Biophysica Acta – Molecular Basis of Disease (2013) 3;1832(12):2097-2102.

10. Lopez-Contreras AJ, Ruppen I, Nieto-Soler M, Murga M, Rodríguez-Acebes S, Silvia Remeseiro, Rodrigo-Perez S, Rojas AM, Mendez J, Muñoz J, Fernandez-Capetillo O. A proteomic characterization of factors enriched at nascent DNA molecules. Cell Reports (2013) 3(4):1105-16.

11. Silvia Remeseiro, Cuadrado A, Carretero M, Martínez P, Drosopoulos WC, Cañamero M, Schildkraut CL, Blasco MA, Losada A. Cohesin-SA1 deficiency drives aneuploidy and tumourigenesis in mice due to impaired replication of telomeres. EMBO Journal (2012) 31:2076-2089.

12. Silvia Remeseiro*, Cuadrado A*, Gómez-López G, Pisano DG, Losada A. A unique role of cohesin-SA1 in gene regulation and development. EMBO Journal (2012) 31:2090-2102.

13. Cuadrado A, Silvia Remeseiro, Gómez-López G, Pisano DG, Losada A. The specific contributions of cohesin-SA1 to cohesion and gene expression: implications for cancer and development. Cell Cycle (2012) 11(12):2233-8.

14. Carretero M, Silvia Remeseiro, Losada A. Cohesin ties up the genome. Current Opinion in Cell Biology (2010) 22(6):781-7.

15. Baquero-Montoya C, Gil-Rodríguez M, Teresa-Rodrigo M, Hernández-Marcos M, Bueno-Lozano G, Bueno-Martínez I, Silvia Remeseiro, Fernández-Hernández R, Bassecourt-Serra M, Rodríguez de Alba M, Queralt E, Losada A, Puisac B, Ramos F, Pié J. Could a patient with SMC1A duplication be classified as a human cohesinopathy? Clinical Genetics (2013) May 17. Doi: 10.1111/cge. 12194, 2014:85:446-451.

16. Ruiz-Romero C, Carreira V, Rego I, Silvia Remeseiro, López-Armada MJ, Blanco FJ. Proteomic analysis of human osteoarthritic chondrocytes reveals protein changes in stress and glycolysis. Proteomics (2008) 8:495-507.