Maria Fällman Lab

Forskargruppen låg bakom upptäckten att subletala doser av Yersinia pseudotuberculosis resulterar i långvarig infektion hos möss med associerad omprogrammering av bakteriens genuttryck. Detta involverar nedreglering av klassiska virulensgener och uppreglering av gener som är viktiga för anpassning till extern stress. Musinfektionsmodeller av Yersinia pseudotuberculosis och Salmonella enterica Typhimurium är idag vanliga som experimentella modeller.

Nuvarande fokus ligger på bakteriella regleringsmekanismer avgörande för etablering och upprätthållande av infektion i värdvävnad, vilket involverar bakteriella anpassningsmekanismer ofta med förändrad genexpression avgörande för upprätthållande av infektion. Metodologiska tillvägagångssätt involverar transkriptomikanalyser kombinerat med klassiska molekylärbiologiska metoder och olika bakteriella funktionsanalyser. Gruppen har publicerat en databas PATHOgenex (http://www.pathogenex.org) med genexpressions-data för över 30 olika sjukdomsframkallande bakterier som exponerats för olika infektions-liknande stress. Vidare har forskargruppen utvecklat avancerade metoder för RNA-extraktion från infekterad vävnad och genomför in vivo genexpressionsanalyser för Yersinia och Salmonella. Dataanalyser utökas nu till att omfatta analyser av heterogent genuttryck och systembiologi-och maskininlärnings-metoder för att lösa komplexiteten i potentiella regleringsmekanismer.

Ett annat intresse i gruppen är reglering av och molekylär mekanism bakom induktion av uttryck och translation av gener på Yersinia-virulensplasmiden, med efterföljande virulens-effektortranslokation av typ III-sekrektionsystemet (T3SS). Tillsammans med Wolf-Watz lab demonstrerades tidigare den alternativa mekanismen för T3SS leverans från bakterieytan. Aktuellt arbete fokuserar på de molekylära mekanismerna bakom på-/avbrytaren för uttryck och translokation av T3SS samt andra regulatoriska mekanismer involverade i virulens-induktion.

Illustration av Maria Fällman Labs forskning

BildKemal Avican