Laura Carroll Lab

För mer information, gå till vår hemsida: microbe.dev

(Meta)genomisk sekvensering spelar en allt mer avgörande roll i klinisk och folkhälsomikrobiologi. Som sådan växer mängden offentligt tillgängliga (meta)genomiska data från mikrober – inklusive patogener – snabbt. Som en mikrobiologigrupp inriktad på beräkning utvecklar och använder vi bioinformatiska tillvägagångssätt, som kan utnyttja dessa enorma datamängder för att förbättra patogenövervakning, källspårning, utbrottsdetektering och riskutvärderingsinsatser.

Vi utvecklar och distribuerar:

(i) fylodynamiska modeller, som kan användas för att spåra utvecklingen och överföringen av zoonotiska patogener mellan djurreservoarer och den mänskliga befolkningen;

(ii) metoder för maskininlärning, som kan användas för att identifiera mikrobiella genomiska determinanter associerade med fenotyper av klinisk och industriell betydelse (till exempel värdsjukdomstillstånd, fenotyper av antimikrobiell resistens);

(iii) multiomics-metoder, som kan användas för att förutsäga patogenvirulenspotential. Vi brinner också för att överbrygga klyftan mellan experimentella och beräkningsmikrobiologer genom att göra (meta)genomiska dataanalysmetoder tillgängliga och tillgängliga för alla genom undervisning och uppsökande verksamhet.

Forskningen finansieras av the SciLifeLab och Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science, DDLS.