Genregulatoriska mekanismer i fetma-associerad levercancer och under embryonal utveckling

Cirka 95% av det vertebrata genomet är tomt på proteinkodande gener. Dessa stora genomiska regioner innehåller bland annat många regulatoriska sekvenser, såsom enhancers, promotorer och isolatorer. Regulatoriska sekvenser behövs för att styra när och var en specifik gen uttrycks och är därmed essentiella viktiga för det högst koordinerade genuttryck som uppträder både under utveckling och i normal fysiologi vid specifika stimuli.

Omprogrammering av regulatoriska sekvenser eller omstrukturering av genomet som innefattar omlokalisering av regulatoriska sekvenser har visat sig spela en nyckelroll i vissa typer av cancer. Detta kan bero på t. ex. omprogrammering av regulatoriska element, "enhancer highjacking", via aktivering av vilande regulatoriska sekvenser eller genom bildandet av nya 3D-konformationer hos DNAt. Levercancer är den femte vanligaste cancerformen i världen och den andra ledande orsaken till cancerrelaterade dödsfall. Den vanligaste formen av levercancer, hepatocellulärt karcinom är starkt associerad med fetma och metaboliskt syndrom. Sjukdomsbilden för levercancer är komplicerad och det är inte klart hur specifika gener bidrar till olika former av cancer - t.ex. mot bakgrund av metaboliskt syndrom eller fetma. Dessutom är lite känt om hur mutationer i det icke-kodande regulatoriska genomet bidrar till sjukdomen. Det primära målet för laboratoriet är att studera de mekanismer vid vilka övervikt och metaboliskt syndrom bidrar till levercancer, med fokus på icke-kodande DNA och genregulatoriska mekanismer. För detta ändamål använder vi musmodeller, mänskliga patientprover och state-of-the-art metoder i genomik, transkriptomik och genomredigering.