Institutionen för klinisk mikrobiologi bedriver forskning och utbildning inom områdena värd-mikrob interaktioner, sjukdomsframkallande egenskaper hos mikrober, samt immunsystemets mekanismer. Inom institutionen finns en stimulerande och kreativ miljö för forskning och utbildning. Inom institutionen finns två avdelningar, Avdelningen för infektion och immunologi och Avdelningen för virologi.